Η αυτόματη εκτέλεση των προεκτελεσμένων συνταγών, την πρώτη ημέρα που μπορούν να εκτελεστούν γίνεται από την εργασία Ρυθμίσεις φαρμακείου και το tab Φαρμακείο.
Αν επιλέξουμε το Αυτόματη ενημέρωση εκκρεμών εκτελέσεων και πατήσουμε Καταχώρηση, το PharmacyOne θα εκτελεί αυτόματα τις προεκτελεσμένες συνταγές, με το που μπαίνει η ημέρα δυνατής εκτέλεσής τους και το μόνο που θα έχουμε να κάνουμε κάθε πρωί, θα είναι να εκτυπώνουμε τα φύλλα που κολλάμε τα κουπόνια.